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circos学习笔记(一)

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1.什么是circos?

Circos是一种可视化数据和信息的软件包,它以一种圆形平面图的方式可视化数据这使得Circos成为可视化对象和位置之间关系的理想工具。


Circos是创建出版物质量的图表和插图的理想选择,这些图表和插图具有较高的数据墨比,丰富的分层数据和令人愉悦的对称性。您可以很好地控制图中的每个元素,以针对受众调整其焦点和细节


Circos最初旨在显示基因组数据(尤其是癌症基因组和比较基因组学)和分子生物学。它具有特定的功能,可以解决绘制此类数据时遇到的典型挑战,这些挑战往往非常稀疏,并且包含大量长度标尺。


circos至今为止,已经在超过500篇的科学论文中被引用。曾出现在<<nature>>和<<science>>顶级期刊的封面上,可以不同的图表类型(热图,直方图,散点图等)用于展示全基因组(不仅限于)的信息。


circos指南教程地址:

http://circos.ca/documentation/tutorials/


circos学习难度指数:


虽然circos的学习难度指数真的算是比较高的,说实话,我刚开始学习生信的时候,连circos图都看不懂,更别提学习circos plot了。但是真的觉得circos plot很高大上,就有那种感觉谁要是会绘制circos plot那真的就一个词可以形容,这个人真的超厉害的......我第一次接触到这种图形的时候,是在我老板曾在PNAS上发表的甲基化的文章上,但是对生物信息一脸懵逼,对这个图更是一脸懵逼......就是觉得很高大上,真的,除了高大上我找不到任何的词可以形容。


因为我真的感觉我的基础真的是差到没下限,因为我研究生刚入学的时候,linux不会,以前真的只是听说过!在这里真的要感谢一下,谢家慧师姐(xjh)和王琳(wl)师姐,2017年某天晚上,xjh师姐,在我的mac终端下敲下了ls命令(列出当前目录下的文件和目录),然后,神奇的事情发生了,几行高亮的文字出现了,这个对我的人生都有神奇的意义......从这一天开始,我开始变得开窍了。但是也只是开窍而已......python不会,连装都不会,听都没听过?perl是什么鬼?入学前还是在老板的指导下,听说过perl为何物?所以到现在我真的感觉自己能读研真的是太幸运了,除了幸运我真的找不到别的什么原因,来解释我这样菜的人为什么能够读研?对了,还真得感谢我老板给我这个机会,要不然我真的感觉我已经在社会上饿死了......所以,我真的感觉,我没有什么不知足的,三年研究生生活,我感觉自己最大的成长就在于,认识到了自己是一个在普通不过的人,甚至低于普通人水平以下。所以,未来需要更加的努力啊,我深深的为自己的将来感到担忧,担心自己有一天会饿死,因为真的太菜了......扯远了,还是直接进入正题吧!


2.circos在linux和mac系统平台的安装


其实,说实话,circos的学习的难点就在于它真的不太好装,你如果真的自己单独吭哧吭哧的装的话,真的累个半死,特别是对于基础不太好的同学,简直就是噩梦......我研一还是研二的时候,记得有一次装个软件足足装了两个礼拜,唉,我真的给自己跪了,当时怎么那么蠢......完全不懂,一脸懵逼。最傻的地方是不知道,那个掌握学习的方式方法。其实,可能现在也不知道,学习的方式方法,但是感觉现在自己学习东西比着以前真的是快了好多,当然比着大神可能,还有会有种智商被碾压的感觉吧!


好在,有大神提供了一个包管理工具,它叫conda,Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。用conda安装circos,用一个我很喜欢的师兄的话说,不要太简单。一行代码搞定


2.1 linux环境下circos的安装


#安装

conda create -c bioconda -n circos circos


# 测试激活circos

conda activate circos

# 确认安装

circos -V

# 显示如下

# circos | v 0.69-8 | 15 Jun 2019 | Perl 5.026002


下载官方的教程文件

http://circos.ca/software/download/


2.2 mac下的安装


说实话,在自己的mac电脑上安装的时候,还真的是费一些功夫的,大概花了一天多的时间才完全搞定。


circos的下载

http://circos.ca/software/download/


解压:

tar -zxvf circos-0.69-9.tgz

cd circos-0.69-9/bin


检查少了那些依赖的Perl模块,如果都安装好,会出现如下的信息,不然的话就是缺少相应的perl模块:

perl circos -modules

ok       1.29 Carp

ok       0.36 Clone

ok       2.63 Config::General

ok       3.40 Cwd

ok      2.145 Data::Dumper

ok       2.52 Digest::MD5

ok       2.84 File::Basename

ok       3.40 File::Spec::Functions

ok       0.23 File::Temp

ok       1.51 FindBin

ok       0.39 Font::TTF::Font

ok       2.71 GD

ok        0.2 GD::Polyline

ok       2.39 Getopt::Long

ok       1.16 IO::File

ok       0.33 List::MoreUtils

ok       1.38 List::Util

ok       0.01 Math::Bezier

ok      1.998 Math::BigFloat

ok       0.06 Math::Round

ok       0.08 Math::VecStat

ok       1.03 Memoize

ok       1.32 POSIX

ok       1.08 Params::Validate

ok       1.61 Pod::Usage

ok       2.05 Readonly

ok 2013031301 Regexp::Common

ok       2.84 SVG

ok       1.19 Set::IntSpan

ok     1.6611 Statistics::Basic

ok       2.41 Storable

ok       1.17 Sys::Hostname

ok       2.02 Text::Balanced

ok       0.61 Text::Format

ok     1.9725 Time::HiRes

缺少那个安装那个:

sudo cpan

perl -MCPAN -e shell

install "模块名"


其中GD模块的安装非常麻烦,依赖的包很多


这个时候,可以利用brew安装GD模块,首先,确定自己的mac是否安装brew

brew -v

否则应该就是还没有安装,安排上:

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

如果你等待一段时间之后遇到下面提示,就说明无法访问官方脚本地址:

curl: (7) Failed to connect to raw.githubusercontent.com port 443: Operation timed out

请使用下面的脚本

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://cdn.jsdelivr.net/gh/ineo6/homebrew-install/install)"

上面脚本中使用了中科大镜像来加速访问。

如果命令执行中卡在下面信息:


==> Tapping homebrew/core

Cloning into '/usr/local/Homebrew/Library/Taps/homebrew/homebrew-core'...

请Control + C中断脚本执行如下命令:


cd "$(brew --repo)/Library/Taps/"

mkdir homebrew && cd homebrew

git clone git://mirrors.ustc.edu.cn/homebrew-core.git



cask 同样也有安装失败或者卡住的问题,解决方法也是一样:


cd "$(brew --repo)/Library/Taps/"

cd homebrew

git clone https://mirrors.ustc.edu.cn/homebrew-cask.git

成功执行之后继续执行前文的安装命令:

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://cdn.jsdelivr.net/gh/ineo6/homebrew-install/install)"

最后看到==> Installation successful!就说明安装成功了。

解决了brew之后,就可以安装其他依赖包了

然后安装以下依赖包:


$ brew install zlib

export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/zlib/lib" 

export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/zlib/include"

例如:

$ brew install libpng

$ brew install libjpeg

$ brew install truetype

$ brew install libgd


然后,检测还需要哪些模块没装上:


perl circos -modules

如果都ok,那说明就安装成功了,可以使用了。

我在安装的时候,还遇到了下面这个List::MoreUtils模块没装上,如果你按照之前的步骤安装好了,就不用看下面的了。


查找指定安装模块:

$ perldoc -l List::MoreUtils

根据报错提示需要依赖模块“ExtUtils::PkgConfig”,安装模块:$install ExtUtils::PkgConfig

安装这个模块时继续报错信息:

perl“ExtUtils::PkgConfig requires the pkg-config utility, but it doesn't

*** seem to be in your PATH.  Is it correctly installed?

***  PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin”

显示需要“pkg-config”,看一下是否安装:$ pkg-config

显示“-bash: pkg-config: command not found”说明系统没有安装

先去网站下载 http://pkgconfig.freedesktop.org/releases/pkg-config-0.29.2.tar.gz

然后解压安装

$tar -xf pkg-config-0.29.2.tar.gz

$cd pkg-config-0.29.2

$./configure --with-internal-glib

$make

$sudo make install



792.jpg
——我不是懒,我只是懒得签名而已。PS:汽泡菌
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